При выполнении ответственного задания в Праге, погибает команда секретного агента Итана Ханта. В живых удается остаться лишь самому Итану и француженке Клэр. Руководство считает, что в команде завелся предатель, и все основные подозрения падают на Ханта. На фоне несправедливых обвинений в свой адрес и реальной угрозы ареста, Итану не остается ничего другого, как бежать. Он должен сам найти «крота» и понять, кто его подставляет. Клэр находит его на конспиративной квартире, и они продолжают действовать вместе. Чтобы раздобыть важные секретные сведения, героям надо добраться до суперохранямых документов. Герой приглашает на помощь наемника Франца Кригера и бывшего агента и гениального хакера Лютера Стикелла. Всем вместе им удается осуществить свой фантастический план, разобраться в деталях шпионской истории и сорвать все маски с тех, кто когда-то считался другом и коллегой.