Дедушка Джейкоба Портмана часто рассказывал ему о своем детстве и юности, проведенных в приюте для необычных детей. Он показывал внуку странные и немного пугающие фотографии своих друзей и утверждал, что его воспоминания – истинная правда. Но со временем Джейкоб все меньше верил в чудесные рассказы, считая их выдумкой ему на потеху. Когда ему исполнилось 16 лет, дедушка трагически погиб, отправившись на прогулку в расположенный рядом с домом лес. Вскоре юноша получает загадочное послание и отправляется на отдаленный остров, где вырос в приюте его дедушка. Джейкобом движет любопытство и желание узнать, были ли рассказы его деда о странных детях, живущих на острове, правдой. Ему удается отыскать дом для необычных детей и сделать удивительное открытие – все, кого он видел в детстве на фотографиях, действительно существуют. Он знакомится с хозяйкой приюта, мисс Перегрин и узнает о могущественных и страшных врагах, преследующих необычных детей, а также о том, что ему суждено стать их защитником.