Уже полюбившиеся зрителям герои «Мадагаскара» снова поведают нам о своих приключениях. В предыдущей части мультфильма лев Алекс, жираф Мелман и бегемотиха Глория возвращаются домой из путешествия на свою родину Мадагаскар. В третьей части зрителей снова ждут невероятные приключения животных, ведь сюжетная линия мультфильма стала еще более непредсказуемой. Действие разворачивается в Монте-Карло, где герои пытаются претворить в жизнь свой очередной план, но идея оказалась провальной. Капитан контроля над животными Шантель Дюбуа объявил на них охоту, а у них, как назло нет ни денег, ни друзей, которые могли бы помочь. Пытаясь скрыться от преследований, они присоединяются к цирку-шапито и с их помощью пытаются вернуться в родной Нью-Йорк.