Действие фильма происходит спустя несколько лет после событий предыдущей ленты. Агенты Малдер и Скалли, в силу разных причин, были вынуждены оставить свою службу. Но Фокс Малдер не простился насовсем со своей прежней деятельностью и тщательно отслеживает все упоминания о паранормальных явлениях.

Его одержимость своим делом вполне объяснима – главная тайна, на разгадку которой было потрачено много времени и сил, так и осталась нераскрытой. Между тем, происходит загадочное исчезновение сотрудницы ФБР, и федералы вынуждены обратиться к бывшим сотрудникам «секретных материалов», так как столкнулись со многими необъяснимыми явлениями.

Единственной зацепкой в этом деле являются свидетельства некоего Джозефа Криссмана, который имеет плохую репутацию и престарелый возраст. Его заявления, что он якобы видит картины совершенных преступлений, крайне смахивают на бред, и героям предстоит разобраться, какова истинная причина загадочных происшествий.