В далеком будущем расцвет технологий позволил людям создать киборгов, служащих совершенными помощниками. Не все машины захотели подчиняться людям и вспыхнула кровопролитная война. Наступили темные времена, мир разделился на части: избранные живут в Небесном городе, остальные ютятся в нижнем поселении, превращенном в гигантскую свалку отходов. Спустя несколько столетий после окончания глобальной войны ученый Идо, занимающийся кибернетическими технологиями, находит в отбросах нижнего города останки киборга. Он чинит робота и нарекает машину Алитой. Она забыла все о своем прошлом, но обнаруживает, что превосходно владеет боевыми навыками. В мире, где жизнь ничего не стоит, а люди стали бесчувственными и жестокими, Алите предстоит найти потерянные воспоминания и выяснить, почему на нее ведут охоту другие киборги.